Будущий великий русский флотоводец родился 27 декабря 1848 года. Отец его был прапорщиком флота, мать - дочь отставного офицера флота.

В 1858 году Степан, после перевода отца на Дальний восток, был отдан в морское училище, находящееся в Николаевске-на-Амуре. Во время учебы плавал на кораблях, входящих в Тихоокеанскую эскадру. В 1964 году на флагманском корвете "Богатырь" Макаров плавал в Сан-Франциско. Окончил учебу Степан Осипович в 1865 году, после чего плавал на корвете "Аскольд". В 1869 был произведен в мичманы.

В 1876 уже лейтенант Макаров был отправлен продолжать службу в эскадре Черноморского флота под командованием А.А.Попова. Где предложил переоборудовать пароход "Великий князь Константин" в средство для транспортировки минных катеров - что стало началом создания миноносных кораблей и торпедных катеров.

Шестнадцатого декабря следующего года Степан Макаров впервые в русском флоте осуществил атаку кораблей неприятеля минами-торпедам Уайтхеда, выпущенными с минных катеров.

В 1881 году командовал пароходом Черноморского флота "Тамань". В этом же году Макаров проводя по собственной инициативе гидрологическое исследование Босфорского пролива отрыл в нем глубинное течение. В 1885 году на основе своих исследований Макаров опубликовал труд "Об обмене вод Черного и Средиземного морей", который был удостоен премии Академии наук.

В 1885 году командовал фрегатом "Князь Пожарский".